1951年6月17日，《人民日报》有一篇报道武昌花园山天主堂育婴堂“虐杀”收养婴儿的文章。文章说此育婴堂的“婴儿死亡率在百分之九十九以上”，数字十分惊人。然而，这个数字实际上是估算的，报道称：“不少修道及工友的谈话都证明：该堂过去平均每天收婴儿二至四个。如以每年收进七百婴儿计算，二十三年共收进一万六千余人。现在该堂内仅有婴儿、孤女和侥幸成人的青年共一百零五名。这就是说，婴儿死亡率在百分之九十九以上！”可见，“百分之九十九”是以现存的孩子和长大的成年人除一万六千得来的，其分子和分母数字的来源都是估算的，而非源于原始的账目记录。如果这家育婴堂已经开办了23年，那么，因为有些婴儿在断奶后就可能会再被领养，最早二十年前就可能有婴儿被领养。所以，如果不根据婴儿进出账目计算，很难找到所有的幸存者。另据《长江日报》1951年6月22日的相关报道(PDF存档)，这家育婴堂收养总数为五万七千人，现存的孩子和成人(“包括已出院的和尚留院在内”)数量为126名。另外，《长江日报》的报道还引述育婴堂的内部文件：1946年7月至1947年6月年度的“报告表中所列收容和死亡的数目，死亡率也在百分之九十以上”(见下图红线框出的文字)。根据报道中的这句话，我们可以得知，这个育婴堂有逐年计算的死亡率记录。但为什么《长江日报》的报道只公布了这一年的数字呢？其它年度的死亡率为什么不公布？！如果我们没有猜错的话，作者很可能是从各个年度(总共最多有23年)的死亡率中选择一个最高数字来附和人民日报的数字。而且，1946年至1947年正值第二次国共战争期间，受战乱影响，婴儿的死亡率肯定会很高(之后会说明为什么)。可见，这个“百分之九十九”的数字是百分之百不可信的。对于如此严肃的主题，使用如此拼凑数字的方法，真是视若儿戏！不过，我们还是要感谢《长江日报》这种弄巧成拙式的添油加醋，卖出了个破绽，暴露了《人民日报》报道的虚假。
考虑当时正处于疯狂的激进年代，出于政治需要，上述报道中的指控可能还有很多不实之处。类似于“泥塑收租院”中有许多虚构的内容，包括“水牢、收租院、老虎凳、灌辣椒水……完全都是按着‘阶级斗争’的需要创作出的。”
有记录的冤案是关于安东(今丹东)基督教育婴堂的。这是一家由丹麦教士和助产士郭慕深(Karen Gormsen, 1880-1960)创办的育婴堂。1949年秋，中共的工作组奉命接收该育婴堂。当时育婴堂的三名主管之一，也是唯一的中国籍主管郭爱德是郭慕深教士最早收养的七名女孩之一，被工作组诬陷“虐杀中国儿童”，并被安东市人民法院判认为“高玉珠等三名孤儿被其打后致死”，判有期徒刑七年。1979年，郭爱德提出申诉，由辽宁省丹东市中级法院认定为“事实失实”，于1980年1月23日改判无罪。
另据对十几位主要居住在陕西兴平市和扶风县的知情者(有些曾经就是被教会育婴堂收养的弃婴)采访也得知，婴儿的死亡率确实较高，但虐杀的指控是失实的。死亡率较高是因为缺乏母乳(只能喂普通奶粉)、疾病，以及弃婴本身就很虚弱或有先天性疾病等因素。如在冬天被遗弃在室外，发现时“已被冻得全身乌青”。再如因当时医疗水平的落后，在今天看来简单的痢疾和感冒之类的疾病都可能会威胁婴儿的生命。关于婴儿的日常生活，吃和穿通常都比外面普通的民众好。孩子们日常“以读书、学习圣经为主，也会参加一些力所能及的劳动”，如“纺线织布，打扫院落”，或帮助照顾更小的婴儿。受访者也说，打骂孩子的情况肯定有，但那“只是修女们对淘气孩童加以教育和管束的一种方法”，不是虐待。
同世界上的许多其他地区一样，中国自古也有杀婴、溺婴、弃婴之陋习(绝大多数是女婴)。秦朝时父母杀婴被视为杀人(但杀害畸形婴儿并不被视为犯罪)。汉朝时杀婴的父母会受到与普通杀人相同的处罚，有时会被判处死刑。南宋于1133年颁布过一项法规：父母遗弃子女者处两年徒刑，杀婴者处三年徒刑。元朝时溺女婴仅没收一半财产，溺男婴以杀子孙论罪。明朝治三年(1490)制定条例，将溺婴罪等同于杀子孙，处罚为“杖八十，徒一年半”及充军，清朝亦沿袭了明朝的法律。从对杀女婴的处罚较轻来看，社会观念对女孩的歧视较严重。从上述法律的变化趋势来看，法律对杀婴的处罚似乎越来越轻。
据记载，一位传教士在1840年前后，对闽南地区40个村镇的走访和调查发现，这些地区的平均杀女婴比率为39%。另一位传教士在1846年，对厦门地区几个村庄的调查发现，杀女婴比率高达一半。弃婴的数量之大还不是最重要的，更重要的是人们对生命的极度蔑视：十九世纪末，“圣经基督徒会的特雷伯斯先生有一天清早走出南门，见到一条狗正在吃一个头天晚上从城墙上扔出来的婴孩，那孩子还活着。”
为了挽救弃婴及减少杀婴，政府和民间等都有办育婴堂的传统。宋朝时政府有慈幼局，清初时官方普遍建立了育婴机构，“政府的财政拨款成为一些育婴机构的重要经费来源之一”。据不完全统计整个清朝育婴慈善机构“共成立了至少973个”，其中江南“占全国的32%”。另据统计，“清代广东至少在11个州府41个县设有育婴组织60所，约占全国总数973所的6%”。根据对福建地方志的统计，清代福建地区有育婴机构95个。教会育婴堂则兴起于晚清，由国外教会(主要是天主教和新教)创办，一般都伴随着教会活动。这些育婴堂多由法国、意大利、美国、加拿大等国的传教士管理，分布于全国各地，如江苏、广东、福建、陕西等地。据统计，截止1947年，中国大陆天主教会的育婴机构有264所。
上述各种育婴堂的管理模式大致是：初生的弃婴由奶妈喂养，并一直提供基本的衣服、被褥、医疗和教育等，直到被领养或被送孤儿院或成年。有些育婴堂还配备有医生，个别资金充裕的育婴堂还开设了儿童医院(如1930年代香港的教会育婴堂)。为了尽可能节省资金以救助更多的弃婴，婴儿在可以断奶后需要尽快找人领养(包括亲生父母领回自养和奶妈领养)。领养人的资格需要审查，需要有正当的身份，品行端正，有一定财力，并确保儿童不会被贩卖。教会育婴堂通常会鼓励和优先选择教徒家庭来领养。由于大多数弃婴是女孩(如根据官办的保定育婴堂1913~1914年的数据计算男孩的占比约只有0.45%左右)，也常被人抱养做童养媳。一些负责任的育婴堂机构还会持续关注被抱养的童养媳，直至其婚嫁之日。如果孩子没有被收养，有些教会育婴堂在孩子长大后，也会为比较聪慧的孩子出资供其上学深造，其他的女孩则一般在十五、六岁的年龄嫁人。有些教会育婴堂还会为较大的孩子开设小学课程，以及做一些培训，如缝纫、编织、园艺、木工、鞋工、织布、织袜等，为了“缓解经济压力”也会让“孤儿在学习之余从事少量劳动生产”。民国时，官办的保定育婴堂也会让女婴在六、七岁时入女校读书，“资质愚钝的或女校考试屡不及格者”就会被送入育婴堂开设的织布厂做工(无工资)，15-18岁时“帮其择婿婚配，并帮助置办一定的嫁妆”。
由于种种原因(后面会详细说明)，育婴堂的死亡率一般都很高(远远高于社会总体的婴儿死亡率)。因而针对教会育婴堂，在晚清时就曾被怀疑杀害婴儿。如1870年的天津教案，民众基于中医学原理推断教会“杀害婴儿用于制药”。后经教会神父与造谣者当面对质，才还以清白。但民众仍然不依不饶。后因法国驻天津领事及助手在争执中开枪打了天津静海知县刘杰的家丁，随即引发了暴乱。暴徒们残杀了许多修女、神父、外国侨民和游客，以及数十名中国信徒。类似的教案还有1868年的扬州教案(被怀疑“拐骗儿童”、“挖眼取心炼药”)、1891年的丹阳教案(被怀疑虐杀和“挖眼剖心”)、1891年的芜湖教案(被怀疑“采生折割”)等。据对清朝202起因谣言引发的教案分析显示，有48起(在12类谣言中占比最高达23.76%)是“因谣传基督教传教士迷拐幼孩，采生折割所致”。
中共建政初期，将宗教组织认定为“人民内部矛盾”，采取了比较宽容的政策。甚至对媒体披露的一起教会育婴堂因“疏忽大意、玩忽职守，致使一名两岁女婴死亡的事件”(指控婴儿因烫伤而死亡，但育婴堂则称婴儿死于肺炎而非烫伤)，也没有太关注。但在随后，中共政府因决定介入韩战(1951年10月志愿军入朝)，在国内发起了大规模的反帝爱国运动，并认定梵蒂冈为美国从事间谍活动，禁止教会慈善事业接受美国援助，取缔教会组织“圣母军”，没收美籍财产，驱除了梵蒂冈驻华公使黎培里，驱除了绝大多数外籍教士。同时，中国籍的教会人员“凡不从命于中共干部指示的神职人员，几乎全遭监禁，或未经审判即被杀害、失踪、饿死狱中”。在此政治背景下，政府又利用育婴堂较高的死亡率来批斗教会育婴堂，借以驱除外籍神职人员。宣传的总基调是“揭露和控诉西方帝国主义利用宗教残害中国人民和儿童”，以及“外国传教士借慈善的名义来残害中国儿童”等，并在全国各地组织了很多动辄上万人参加的控诉大会。十分可笑的是，在广州市的某次控诉大会上，居然有一个曾经将自己的双胞胎女婴弃给育婴堂的妇女控诉其双胞胎女儿被虐杀，并要求归还其女儿。实际上，如果没有育婴堂，这个女人有很大的可能性会溺死自己女儿。
上述武昌花园山天主堂育婴堂的死亡率以外，《人民日报》还报道了南京圣心儿童院和慈爱育婴堂的死亡率分别为67%和63%、广州圣婴育婴院死亡率为97.8%。北京西什库法国天主教“仁爱会”孤儿院死亡率91%。
另外，其他研究和报道的数据显示，各类育婴堂和孤儿院的死亡率也很高。如天主教厦门孤儿院存活率约为20-53%(1890-1896年)(即死亡率47~80%)；法国圣婴会1869年在松江的育婴堂1岁以下儿童死亡率为48%，其在湖南省贫困地区的育婴堂则高达67%，同期(1841年)圣婴会在法国巴黎育婴堂的死亡率则为63%。
此外，自然灾害、瘟疫和饥荒也推高了婴儿的死亡率。根据湖南省宗教志的记载，“1898年，(教会)澧县育婴堂共收养200多名婴儿，当即死亡的就有70~80名。翌年，因堂内发生传染病，所剩100婴儿中，又有40多人死亡。1934年滨湖一带洪水成灾，房屋被淹，灾后疫病流行，因缺乏医药，堂内许多女婴因病致死，1942年饥荒饿死的就更多了。”
据统计，1888至1906年的18年中，湖南省民间办的洪江育婴堂收养婴儿共1039名，被领养走的共209名，死亡数为733名。据民国时的统计，1921年官办的保定育婴堂0~1岁的死亡率高达88%(1921)，1~2岁的死亡率为24%，2~3岁43%，3~4岁35%。
如果把时间提前至卫生知识更贫乏的18世纪，欧洲育婴机构(Foundling Hospital)的死亡率也很高，如伦敦育婴机构的死亡率高达64.9%(18,539名入院者中有12,033人死亡，1741年至1800年的累计数据)。对比伦敦的总体婴儿死亡率，18世纪40年代为45%，70年代下降至25%，18世纪末可能已远低于20%。其它一些欧洲城市育婴机构的死亡率为：1750年代都柏林89%、18世纪中至世纪末法国巴黎75~84%、18世纪下半叶意大利佛罗伦萨50~80%。
人权观察1996年1月发表的一篇题为《默认死亡》(DEATH BY DEFAULT: A Policy of Fatal Neglect in China's State Orphanages)的调查报告，1980年代至1990年代，中国官方孤儿院的死亡率也非常高，并存在广泛的虐待儿童现象。这份三百多页的报告，包含了数百页上海儿童福利院的病历和证词，包括一批“仅供内部使用”的文件，并获得了国内很多记者、医生、律师、人大代表等人士提供的数据和资料，得到了许多党政官员的调查和证实。报告发表后得到国外舆论的强烈反响，中国官方虽然否认了一些事实方面的指控，但几乎没有否认数据方面的指控。人权观察的报告数据显示，1989年，中国全国福利机构新接收的孤儿存活超过一年的可能性不到50%，在福建、陕西、广西和河南等省，孤儿的总体年死亡率在59.2%到72.5%之间。个别省份和机构的死亡率超过90%。据官方数据，即使是在上海这样的富裕地区，被官方大肆赞扬的全国典范——上海儿童福利院在1991年的死亡与入院之比也高达77.6%。这么高的死亡率，在食物相对更加丰富，卫生和医药技术和条件更好，科技水平也较高的现代社会是难以想象的。报告发布后两个月左右，人权观察说：“一些孤儿院似乎已接到指示，要求提供更好的衣物和医疗服务，而且自该报告于一月发布以来，外国收养数量大幅增加。”
首先，我们必须要看当时社会总体的儿童死亡率，对照当时的医疗卫生水平和社会经济发展水平。据估计，清末民初五岁以下儿童的死亡率大约为40~48%。另一个根据清朝(1644-1911)皇室宗谱分析的数据(约33,000人，1700-1840年生，包括晚清早期)表明：婴儿死亡率约为男性23%、女性29%，平均约26%。另一个可参考的数据是日治下台湾婴儿5岁以下死亡率大约在19~32%(1905-1940)的范围内。由此可见，当时的中国社会总体的儿童死亡率就很高。
其次，母乳除了能为婴儿提供最全面的营养以外，还提供了很多免疫活性物质，维持着婴儿最初的免疫力，对婴儿的抵抗力和存活至关重要。根据现代医学的数据显示，0至5个月龄的婴儿中，非母乳喂养的死亡风险比纯母乳喂养高14.4倍。这是还现代社会的数字，如果在一百多年前，卫生和医疗技术水平较低的时代，这个数字可能还会更高。1858年4月《柳叶刀》杂志发表的文章记录了英国伦敦、伯明翰和利兹的婴儿死亡率高达40%至55%，主要是因为母亲产后不久被迫返回工厂工作导致营养不良。
因此，育婴堂如果不能为接收的婴儿及时找到奶妈，那么，婴儿的死亡率就会很高。而找健康的奶妈并非容易，涉及到资金是否充裕，以及当地的民风和经济发展水平等诸多因素。若遇到战乱、瘟疫和饥荒则就更加困难。通常，育婴堂都要求一名奶妈只能抚育一名婴孩，但有时候，一位奶妈可能需要喂养几个孩子，或同时喂养自己的亲生子女。由于让奶妈到育婴堂内哺乳也增加了婴儿们感染疾病的风险，以及需要建造大量的房屋，有些育婴堂也会将收养的弃婴寄养给奶妈喂养，以避免让育婴堂的所有婴儿承担感染风险。但这又增加了监管的难度。最便于监管的显然是那些常住在育婴堂的“住堂乳妇”，可以有“老妇专门负责‘司验乳汁’”，亦及“稽查乳妇之贤否勤惰、有无口角是非、乳浆是否充足，照料婴孩饥饱寒暖、襁褓干湿并差点各房什物火烛等事”。但对于“住堂乳妇”，育婴堂则需要提供食宿和被褥等。
另外，清朝中后期在江西南昌府创立的育婴六文会采取补助贫困女婴的模式来解决奶妈的问题：即贫困户生女婴后可申请每月领取600文钱，为期两年。晚清著名慈善家余治(1809-1874)创立的保婴会亦采取类似的模式：在贫困妇女生产后给予半年的米粮资助，之后“万不能养”者再由育婴堂收养。该方法取得了成功，获得了良好反响，并在江南各地推广。这种方法相当于雇佣生母为奶妈，由于生母更加负责任，故此方法最大限度地提高了婴儿的存活率。这种方法可能需要付出更多的资金，因为申请资助的数量可能要比真实的弃婴数量多。而且，因为只救助贫困户，也不能避免富户溺婴的问题(溺婴的动机并非仅仅是贫困)。但这种方法也减少了奶妈骗取补助和工资的情况，如生母将自己的婴孩遗弃送入育婴堂，再报充乳母领养婴孩，以及寄养乳母在所领弃婴夭折后不报，仍然以继续领取工资。如官办的保定育婴堂，在一次请清苑县警察和县长的调查中发现，清苑县有三分之一(74名婴孩中的25名)寄养给乳母的婴儿已无下落。
关于使用奶粉和鲜乳喂养，“民国时期，有的育婴堂收养的弃婴使用代乳粉和鲜牛奶等代哺食品哺养。但是代乳粉价格昂贵；鲜牛奶虽较便宜，但婴儿的死亡率较高；而人乳则基本能弥补以上两种不足。雇请乳妇的费用同使用鲜牛奶进行人工哺养的费用差不多，甚至更低，同时又能降低婴儿的死亡率。” 一些经费不足的育婴堂，提供给奶妈的食物较为一般，“如果乳妇要求加菜或者要求加荤，所花费用必须从其工资里扣除。” 这种情况下，如果奶妈营养不良，也会危及婴儿的健康。
由于母乳对婴儿的存活率至关重要，奶妈的工资和伙食费通常是育婴堂的主要开销。1920年代，据对当时的8个二、三线城市育婴堂的统计，奶妈的工资和伙食费占总支出的54~90%。这些城市主要是芜湖、重庆、蚌埠、铜山、归绥、福州、安庆、沈阳。同期，上海育婴堂奶妈工资占比约20~26%。一般是育婴堂的资金越不足，占比越高。资金短缺时，首先会降低其它开支，最后不得已才会降低奶妈的资费。一旦到了要降低奶妈资费的时候，往往就意味着婴儿死亡率的增加。
20世纪中后期，可靠的婴儿配方奶的发明和普及(1950-1960年代)对提高婴儿存活率也非常重要。在母亲营养不良的情况下，婴儿配方奶甚至更好。为此，在欧美等国家的收养弃婴机构，雇佣奶妈的做法迅速衰退，代之以分阶段的配方奶粉、母乳银行或母乳捐赠，或在寄养家庭喂养。
此外，卫生如消毒技术的普及和预防传染病的知识，医疗技术如抗生素、疫苗的发展等对降低婴儿死亡率也非常重要。
关于消毒技术：1990年代的中国，医院广泛采用化学消毒剂(如氯化物等)、蒸汽灭菌和紫外线灯，家庭和公共场所使用消毒的自来水、厕所等基础设施。虽然城乡差距较大，但整体上还是显著降低了疾病的感染率。而在以“不讲卫生”、“东亚病夫”闻名的一百年前的中国，消毒主要依靠熏蒸和隔离，化学消毒仅限城市和精英阶层。主要饮用河水、井水和雨水，“尽管许多主要河流浑浊，但水质尚可。清中叶以后，城市部分河道的污染更为严重”。清末时的自来水普及率极低，仅限大城市的租界或精英阶层。1880年，中国第一间自来水公司在上海成立。1908年，北京才有了第一个现代自来水厂。甚至肥皂的使用都成问题。1888年，英国商人在上海开设了中国第一家肥皂厂。20世纪初，才有许多中国企业家生产肥皂。直至两次世界大战之间，肥皂才成为许多中国家庭的必需品。
关于抗生素。1990年代，中国已成为全球最大的抗生素生产和消费国之一，不仅使用率极高，还存在严重的滥用问题。相较于过去，人类第一个抗生素——青霉素是在1928年发现的，直到1940年代才大规模生产和应用。
关于疫苗：在1990年代的中国，儿童出生后可接种卡介苗、口服脊灰减毒活疫苗(OPV)、DTP(对抗白喉、破伤风、百日咳)、麻疹减毒活疫苗(MV)、乙肝疫苗、乙脑疫苗(JEV)、A群脑膜炎球菌多糖疫苗(MPV-A)、MMR疫苗(对抗麻疹、腮腺炎、风疹)、甲肝等。而在一百年前，儿童疫苗极为有限，可能仅有天花疫苗(牛痘)。天花疫苗在19世纪逐步推广，但并非标准化新生儿接种，常在儿童期(非出生时)施用，且覆盖率低。20世纪初，儿童患天花导致的死亡率仍然较高。因此，当时的育婴堂都尽量给儿童种牛痘。
对于育婴堂来说，清末民初国内频繁的战乱和自然灾害也是一个重要的挑战，严重时可导致育婴堂关闭或停办，战后及灾后又很长时间难以重新开办。如1912年，曹锟在北京发动兵变，波及周边，造成“保定育婴堂寄存于本城各处的成本银荡然无存”。再如1938年3月，侵华日军攻占崇明时，崇明城内育婴堂一度受到严重摧残，以及“日伪统治期间，崇明城内天主堂‘因时局影响，经费来源枯绝’”。然而，战乱和自然灾害时民众的弃婴数量一般都会快速大幅增加，这就更加剧了育婴堂的经济危机。以下为在国内波及范围较大的战乱(不包括波及范围较小的对外战争)：
1850-1864，太平天国运动，造成数千万人死亡；
1899-1901，义和团运动和八国联军侵华；
1915-1928，护国战争、军阀混战、北伐战争；
1930-1932，中原大战、九一八事变、一二八事变；
1937-1949，抗日战争，国共战争。
上述战乱时间几乎占了一半的比例(自1850年至1950年的45年)。
以下是同时期主要的自然灾害：
1851-1855，黄河洪水导致数百万人死亡和饥荒；
1876-1879，华北干旱导致饥荒，约1300万人死亡，人口减少25%；
1910-1911，东北鼠疫，约6万死亡；
1920-1921，甘肃海原里氏7.8级地震，约27万人死亡，华北干旱与饥荒，约50万人死亡；
1931-1932，长江流域洪水与饥荒，约370万人死亡，甘肃昌马里氏7.6级地震，约7万人死亡；
1935，长江洪水，约14.5万人死亡；
1938，黄河决堤，约50-80万人死亡；
1942-1943，河南干旱和饥荒，约300万人死亡。
另外，时局的动荡和政权的更迭也是育婴堂等其它慈善组织面临的重要挑战。如1950年始，中共开始征用和没收了大量慈善组织的房产和地产等财产，而慈善组织的收入主要依赖这些房地产的租息。这极有可能会使许多育婴堂陷入困境，危及婴儿们的生命。
拒收弃婴通常被人们认为是一种冷漠无情的行为。但受财力和物力的限制，如果不限制对弃婴的接收，也必然会推高婴儿的死亡率。因此，一些育婴堂会根据自身条件限制弃婴的接收。如光绪年间，官办的保定育婴堂虽然是省城最大也是唯一的育婴堂，但额定仅为120名，故接收婴儿有严格的限制，只有“父母俱亡赤贫待毙者”才能被接受。但即使如此，仍然有许多贫困家庭将婴儿强行遗弃在育婴堂外，迫使育婴堂不得不接收。因此，这种限制实际上难以严格执行。
影响婴儿存活率的其他因素还有送来的婴儿本身就有严重的健康问题。例如，有些父母为了将婴儿送到较好的育婴堂，经常把婴儿“放在篮子和筐里长途运输，许多婴儿在到达奶妈那里之前就夭折了”。有些以宗族为单位的(本土)育婴堂则有严格的地域限制，仅救助周边的地区。这无形中避免了婴儿的长途运输。此外，有先天性遗传病的婴儿也常会被遗弃并送到育婴堂，这类婴儿的死亡率通常也会较高。而育婴堂如果对送来的婴儿来者不拒的话，必然会推高死亡率。
尽管早期的基督徒(因基督教教义反对弃婴)就曾建立过专门收治弃婴的机构，但教会最初来中国时并没有将接受弃婴纳入本职工作。很多育婴堂也不是教会直接开办的，而是由与教会有密切关系的慈善组织开办的。如法国的圣婴会是由法国天主教会于1843年创办的。圣婴会从欧洲独立募集资金，救助中国、印度、东南亚和非洲地区的儿童。天主教认为，未能接受洗礼而死亡的婴儿，其灵魂无法升入天堂，所以，在中国兴建育婴堂之前，教会最初除了给成人洗礼以外，还为那些垂死的婴儿洗礼，包括弃婴。据《耶稣会士书简集》记载，北京的耶稣会在1694年之后的几年，每年洗礼的弃婴数量达到二、三千。这些数字突显着弃婴现象的严重性，大城市尚且如此，何况乡村。有些神父还会前往中国的普通家庭，“在新生女婴被溺死之前对婴儿进行洗礼，以便在无法拯救其肉体的情况下拯救灵魂”，以及去中国本土的育婴堂为垂死的弃婴洗礼。至18世纪，一些教士看到中国弃婴问题很严重，才有开设育婴堂收容弃婴的想法，并在晚清逐渐开始开设了越来越多的育婴堂。有些神职人员最初只是收养孤儿，收养多了之后才打算建育婴堂。如“1858年，湖南教区代牧方怀仁收养了一名孤女，寄养在教徒家中，给受委托者一定的喂养费。后来，随着收养的孤童增多，方怀仁便于1860年在衡阳黄沙湾附近的侯家塘建了一座育婴堂，对孤童进行集中管理。”
基于上述这种宗教观念，教会育婴堂不仅不会拒收垂死的婴儿，有时反而还会鼓励、甚至奖励民众将垂死的婴儿送来。据记载，1850年代，香港天主教育婴堂会为送来的每个弃婴奖励一法郎。再如近代湖南教会慈幼机构会奖励“铜钱一百”。甚至一些本土的育婴机构也会视路程的远近奖赏拾婴者，路程越远赏钱越多。这就更加推高了婴儿的死亡率和育婴堂的花销。由于文化差异，中国民众对西方教会这种宗教观念很难理解，这也是造成教会育婴堂受到种种猜疑的重要原因。
此外，面对贫穷顽劣的民众，育婴堂还需要面对种种额外的挑战。除上述奶妈骗取补助和工资以外，还包括：奶妈不用心抚养；奶妈私下调换婴儿；领养家庭虐待儿童；人贩子从育婴堂骗取领养儿童，或贿赂育婴堂管理人员领养儿童再贩卖儿童，让儿童为奴为娼。
如上所述，婴儿的脆弱表明，婴儿死亡率与资金充裕程度和种种复杂的条件敏感相关。根据死亡率高来推断育婴堂虐杀婴儿是不合理的。当然，我们也不能完全排出有些教会育婴堂可能确实存在一些问题，视管理人员和照护者(包括外籍教士和中国人)的爱心和素质，贪污腐败，忽视和粗暴对待儿童可能在所难免；视资金的充裕程度，婴儿的生活条件可能不尽人意；为了节省资金，婴儿断奶后可能会尽快让人领养或抱养做童养媳，孩子们长大后可能还会参加劳动。与亲生家庭不同，一个母亲通常只看护一个新生婴儿及几个较大的孩子；而在育婴堂，视财力和物力的多寡，一个人往往需要看护多个婴儿和多个孩子。由于送来的弃婴通常无法拒收，如果适逢财力不足，那么婴儿可能就看护不过来。对于普通民众来说，如果穷就可以弃婴给育婴堂，但对于育婴堂(无论是本土的还是教会的)来说，无论财力多么不足，都只能勉强维持，绝不可能把已经收养的弃婴再“弃”掉。
因此，有问题的育婴堂肯定有，无论是教会和本土的。但是，在1950年代的一场“疾风暴雨”式的政治运动中，几乎一夜间，两百多家教会育婴堂都被贴上了“帝国主义”标签，成了虐杀儿童的场所，全部被政府接受，这显然是极不合情理的。即使是真有所谓“虐杀”行径，或虐待和忽视等行为，也应该是在符合正当法律程序下，由公正的审判来定罪，而非在疯狂的政治运动中出于某种政治需要来定罪。
具有讽刺意味的是，根据上述人权观察的报告，1980~1990年代，中国政府官办孤儿院的死亡率也很高(50~90%)，而当时对照的社会总体婴儿死亡率低于10%(参见图4)，尽管中国官方公布的社会总体婴儿死亡率可能存在水分，但差距还是太大。这种强烈的反差远超百年前的本土和教会育婴堂。如果再考虑到这一百年来卫生和医疗技术的发展差距，那么，中国官办孤儿院的死亡率几乎是难以接受的。当然，人权观察的数据所基于的背景是当时中国“一胎化”的强制计划生育政策导致在1980-2000年期间，每年出生人口中失踪的女童人数为732万(包括堕胎和弃婴等，已排出隐瞒和漏报)，平均每年36.6万，以及“全国范围内有近1000家此类国营孤儿和弃婴机构”的现实。如果政府为了减少人口数量可以随意强制妇女堕胎，那么，他们为什么还要去重视养育弃婴呢？毕竟，如果把所有的弃婴都救活，那不是又要增加很多人口吗。一位官员也承认“存在缺陷”。人权观察则认为主要责任在于政府的投入不足，那些儿童福利院的普通工作人员并非都是恶人。只要政府的总投入长期不足，必然会导致一个人平均照料的婴儿过多，那么，有爱心的人或者累死，或者看不下去走人，然后，自然会有冷漠麻木的人来干，最终将无可避免地会出现大量忽视，甚至虐待的问题，死亡率高也几乎是必然的。这就是救助弃婴的残酷现实，也是很多不熟悉弃婴问题的人无法理解的现实。对于上述教会或本土育婴堂也一样，由于很难拒收弃婴，长期超负荷收养弃婴也会导致诸多类似问题。
中国孤儿院问题的吹哨人张淑云医生离开中国前曾担任了二十年的公共卫生专家。她曾向中国政府举报过孤儿院存在虐待行为，但都没有结果。她曾无奈地质问过一些官员：“我们问他们是否有内部政策可以消灭一些婴儿，他们说：‘没有。我们从来没有这样的政策。每个婴儿都是宝，每个生命都是宝贵的。我们怎么能消灭他们呢？’”这位官员冠冕堂皇的答复显然解释不了中国官办孤儿院所存在的严重问题。至少，在政策制定者的潜意识中肯定不在乎这些婴儿的生命和福祉。而且，人权观察报告第二章的内容还显示，中国对孤儿和弃婴群体的系统性忽视自1949 年以来一直存在：“基于中国当局自己发布的、此前从未在境外公开的材料，描述了自中华人民共和国成立之初以来，中国对孤儿和弃婴群体的系统性忽视。”
在上述人权观察的报告发布大约一年之前——1995年，英国制片人布莱维特(Kate Blewett)等人曾前往中国探访一些孤儿院，使用隐藏摄像机拍摄了影像，并制作了38分钟的纪录片《垂死的房间》(The Dying Rooms)极其后续纪录片《重返垂死的房间》(Return to the Dying Rooms)。第二部纪录片补充加入了一些人权观察提供的证据。纪录片揭露了中国孤儿院广泛存在的虐待儿童现象。一些儿童被关进“垂死的房间”，任其自生自灭，最终因营养不良和脱水而死亡。在《重返垂死的房间》里，吹哨人张淑云说：”经过我的调查和大量的分析，主要的死亡原因是病死、冻死和人为的饿死。许多职工严重不负责任，管理的混乱造成孤儿的死亡率逐年地上升“。张淑云还透露，一些残疾、病重和特别顽皮的孩子(因为照顾起来很麻烦，很脏)，或者他们觉得很讨厌的孩子，会被几个人定下来“可以死掉”。为了防止这些饥渴的孩子在死亡之前乱动和哭喊，他们还被捆绑在床上，并被喂安眠药和注射镇静剂，让他们在昏昏沉沉中慢慢地死去。影片播出后震惊了世界。第一部《垂死的房间》在全球37个国家上映，观众人数估计超过1亿，并获得了13项国际奖项。
由于中国政府对信息的封锁，上述人权观察的报告和纪录片《垂死的房间》至今在中国社会鲜为人知。而与之形成鲜明对比的是，很多现在的中国民众却依然还在相信官方在1950年代对教会育婴堂虐杀婴儿的指控。在1950年代，所有教会育婴堂被政府接受，绝大多数外籍教士被驱除出境，而在现代，涉嫌性侵和殴打孤儿的上海孤儿院院长韩伟成 ，“他不仅毫发无损地躲过了丑闻，还在1994年被提拔为市民政局副局长。他现在主管上海所有的监护性福利机构。”这一切都说明，中国社会在整体上极度缺乏自我反思的精神，中国人的特征之一是：遇事必怨天尤人，从来不寻找自身的问题。
上文中，我们特意对育婴堂管理的方方面面做了一些非常简短的介绍，就是为了让读者能体会到：由于婴儿是非常脆弱的个体，又不会说话，所以，救助弃婴是一项非常复杂和艰难的工作，需要承担种种意想不到的风险。加之清末至民国时的中国尚处于极度落后的发展阶段，救助者往往需要克服许多我们今人难以想象的挑战，如战乱、自然灾害、贫困、资金短缺、物价上涨、缺少奶妈、缺少奶粉、卫生和医药条件较差、传染病、专业人员不足、管理水平低、职工素质差、民众愚昧顽劣等因素。因此，过分苛求婴儿的死亡率和待遇是极不公平的，也是不科学的。
面对教会育婴堂下埋葬的婴儿累累尸骨，我们本应首先自责国人溺婴之恶习。我们自己制造的问题，别人好心来帮忙解决，即使解决的不够好，我们也不应该过分苛责，我们应该体谅救助工作的艰辛，如果我们自己来做也未必能做好。不是吗？！
我们无法肯定教会中百分之百的都是好人，但是，冤枉任何一个好人，哪怕只是冤枉一个好人，哪怕只是冤枉一个好人的一件小小的事情，都是我们心中难以承受的负重。不是吗？！
在中国，无论何时何地，任何一位曾经心怀爱心而拯救弃婴的人都值得尊敬，无论是中国人，还是外国人。我们对他们每一个人都应该怀有诚挚的感恩之情。尤其是那些曾经被育婴堂收养后长大的成人，更应该铭记他们的救命之恩，胜于亲生的父母。
然而，总有部分顽劣愚昧之国人，不仅不知反思自己的溺婴恶习，不知感恩收养弃婴者的救命济世之恩，反而以自我愚昧的视角推测、污蔑他们杀婴“制药”，以自己的小人之心揣测、污蔑他们“拐骗儿童”，以自己的邪恶心术臆测、污蔑他们“采生折割”，一些所谓的“革命者”基于某种激进的理论污蔑他们是“虐杀中国儿童”的凶手，还标以帝国主义标签。在这些种种污蔑之后，往往还要对他们进行迫害、折磨、残杀。这是何等忘恩负义之罪恶行径！
回想自1980年代以来，中国政府极其粗暴的强制计划生育政策，有多少强制堕胎的血腥惨剧，包括“大月份”强制引产；有多少强制堕胎娩出的胎儿还活着，但仍然被用各种方法杀死，有多少“百日无孩”的暴行……这些其实就是古代弃婴恶习的一种延续，只不过已经从古代的民间盛行，政府禁止不力，上升到政府强制推行，民间反抗无力。据估计，因计划生育政策导致的“被强制堕胎造成的死婴及孕妇死亡就在4000万以上”，这数千万的死婴就是“国家弃婴”。有人可能会争辩说胎儿还不算是活的人，堕胎不算弃婴。但是，目前世界上健康存活的最小早产儿孕龄仅23周零3天。所以，你不能说胎儿不是一个活着的人。退一步说，即使胎儿在法律上不算是一个人，但在父母心中，胎儿就是他们的孩子，强制堕胎就是在杀他们的孩子。因此，这种“国家弃婴”现象说明，自古至今，中国的弃婴现象从未中断过，国人对于弃婴之恶习也从未真正反思过。现在弃婴现象的缓解仅仅是因为出生率过低及鼓励生育，并非基于对弃婴现象的反思，未来会不会再有何种形式的“国家弃婴”则仍不可知。
如果国人真的要反思，首先要做的，也许应该是为那些被冤屈的中外教会神职人员恢复名誉，为上述那些忘恩负义的罪行感到耻辱和愧疚，为此诚心忏悔，祈求上天的原谅。